Con el primer borrador del genoma humano publicado en 2001, la comunidad científica a redoblado esfuerzo en lograr identificar cuántos genes compone el genoma de cada uno de nosotros. El primer estimado de genes en el genoma humano era de más de 100 mil, el mejor estimado para el 2023 era de poco menos de 20 mil [1]. No es un problema sencillo, ya que la anotación y descubrimiento de nuevos genes en el genoma humano tiene muchas implicaciones, como tener un buen genoma de referencia para comparar tanto entre nosotros como individuos para encontrar asociaciones genéticas con enfermedades, encontrar marcadores moleculares asociados también a patologías, así como también hacer una historia evolutiva completa de los homínidos. Adicionalmente, el problema es más grande, ya que las regiones que significan ‘proteína’ o codificantes no son fáciles de distinguir de regiones que contienen isoformas o pseudogenes. Las tecnologías de secuenciación han revelado un gran número de RNA no codificantes que ya hemos comentado en este espacio y en nuestra página de Facebook en diferentes momentos.
Ahora, un preprint en el que los autores se plantean una pregunta fundamental: ¿qué hemos pasado por alto en análisis genómicos? [2]. Los autores sugieren que hay muchos pequeños marcos de lectura (ORFs) no canónicos (llamados ncORFs en el trabajo) que han sido observados en numerosos estudios en diferentes tipos de células tanto sanas como enfermas. El trabajo presenta una visión general de los ncORFs que originan más de 3 mil péptidos de un análisis de más de 3 mil millones de espectros de masas de unos 95 mil experimentos. Los autores crearon una base de datos para poder acceder a toda esta información que seguramente podrá ayudar en el descubrimiento de nuevos marcadores para enfermedades y otras aplicaciones biomédicas en muchos organismos, que cada vez hay más sorpresas en los seres vivos.
Lo que amerita atraer a nuestros seguidores a este trabajo es que durante mucho tiempo se ha asumido que péptidos de menos de 50 aminoácidos no tienen una relevancia funcional. Sin embargo, en este trabajo, la inspección de numerosos trabajos de identificación de proteínas en células ha revelado que hay 1,715 nuevos ncORFs que son considerados como proteínas de los cuales se derivan al menos 3,035 péptidos nuevos. Este es un ejemplo de cómo se debe avanzar el conocimiento sobre qué tanto del ADN codifica y quizá debemos cambiar nuestro paradigma sobre el ADN codificante y no codificante.
Referencias
[1] Amaral, P., Carbonell-Sala, S., De La Vega, F.M. et al. The status of the human gene catalogue. Nature 622, 41–47 (2023). https://doi.org/10.1038/s41586-023-06490-x
[2] Deutsch et al., High-quality peptide evidence for annotating non-canonical open reading frames as human proteins. bioRxiv 2024.09.09.612016; doi: https://doi.org/10.1101/2024.09.09.612016
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